在精子微分類技術中,首先精子樣本需要被洗滌,以去除其中的液體以及非活性精子,隨後用一種特殊的熒光染料劑對洗滌後的精子進行染色,這種熒光劑會暫時附著在精子中的 DNA 上。流式細胞儀對染色的精子進行逐一分析,細胞通過激光時,附著在DNA上的染色劑便會發出熒光。含有X染色體的精子因為有更多的DNA,因此有更多的染色,將比含有Y染色體的精子發出更有活力的熒光。流式細胞儀使用特殊軟件來識別精子,該軟件能夠識別細胞的熒光特徵,甄選出與所需性別相匹配的健康精子。這些精子隨後從樣本中分離出來,成為可供使用的濃縮精子樣本。